Mandag formiddag ankom 32-åringen fengslingsmøtet i retten i Næstved.
Han er siktet for ha holdt jenta tilbake mot hennes vilje, melder NRK. Han er også siktet for voldtekt, vold og trusler.
Mannen erkjenner delvis straffskyld, melder nyhetsbyrået Ritzau.
13 år gamle Filippa ble meldt savnet da hun ikke kom hjem etter å ha levert aviser i Kirkerup i Sjælland lørdag. Politiet satte inn betydelige ressurser for å finne 13-åringen, og kort tid etterpå ble sykkelen hennes og mobiltelefonen funnet ved en veikant.
Over ett døgn etter at hun ble meldt savnet, opplyste politiet at hun var funnet i live.
32-åringen skal ha tatt med seg 13-åringen rundt klokken 11.43 lørdag til to ulike adresser. Jenta ble funnet på en adresse i Korsør søndag like før klokken 15, og 32-åringen ble samtidig pågrepet.